فى أواخر عهد الدولة الطولونية أصبحت البلاد فى حالة فوضى وعدم استقرار. وفى عام 909 ميلادية أعلن الفاطميين خلافتهم الخاصة فى تونس بعيداً عن الدولة العباسية، وفى منتصف القرن العاشر الميلادى إمتدت سيطرتهم على كل الشمال الإفريقى تقريباً. وفى عام 969 إستولوا على مصر، وقاموا ببناء مدينة القاهرة كعاصمة لهم. ومع ذلك فقد ظلت الفسطاط مركزا تجاريا. ومع أن الفاطميين كانوا شيعة إلا أنهم لم يسيئوا معاملة أهل السنة فى مصر، كما قاموا ببناء أول جامعة إسلامية فى العالم، وهى جامعة الأزهر حيث أصبحت القاهرة مركزا إسلاميا ثقافيا وفكريا عظيماً.