نتيجة للضرائب الباهظة التى كان الرومان يفرضونها على المصريين وسوء معاملة الرومان لهم، لم يبد المصريون مقاومة تذكر تجاه الفتح العربى، كما وافق الأقباط على دفع الجزية فى مقابل حماية المسلمين لهم ومنحهم حرية العقيدة، فقد كان الاختيار إما تغيير الدين من المسيحية إلى الإسلام، أو دع الجزية، أو القتل! وقد قام المسلمون بعد فترة بتغيير العاصمة من الإسكندرية إلى الفسطاط؛ وهى مدينة قام ببنائها عمرو بن العاص، وهى تبعد أميال قليلة عن القاهرة الحالية.
وقد بدأت الديانة الإسلامية واللغة العربية تدريجيا تحل محل الديانة واللغة القبطية حتى أصبحت مصر دولة عربية إسلامية كبيرة. تحت الحكم العباسى بدأت تظهر فى مصر خلافات داخلية مذهبية بين أهل السنة والشيعة والأقباط فى بعض الأحيان، وقد ساءت الأحوال جدا فى أواخر القرن الثامن الميلادى حيث قام مجموعة من الأندلس بإحتلال مدينة الأسكندرية، حتى جاء جيش من بغداد ونفاهم إلى جزيرة كريت. واستمرت الثورات الداخلية حتى قاد المأمون جيش لإخماد هذه الثورات فى عام 832 ميلادية.
فى عام 868 أرسل الخليفة إلى مصر أحمد بن طولون والى عليها. وقد كان أبن طولون رجلا حكيما عامل المصرين معاملة حسنة، الا أنه استقل بمصر حيث كان ارتباطها الوحيد بالخلافة العباسية هى الأموال التى ترسلها اليها سنويا. وقام ابن طولون ببناء مدينة جديدة سماها "القطائع" شمال الفسطاط. كما اتسعت رقعة الدولة الطولونية وضمت أجزاءاً من سوريا. وحكمت الدولة الطولونية حوالى 37 عاما.