كان حكام الأسرة الثالثة عشر من 1801 حتى 1648 قبل الميلاد أضعف من سابقيهم فقد حكم أكثر من خمسين ملكا خلال 160 عام فقط، ومع ذلك فقد كانوا يسيطرون على النوبة والحكومة المركزية.
وفى نهاية عصر هذه الأسرة إجتاح الهكسوس مصر الذين دخلوها من غرب آسيا. وفى نهاية عهد الأسرة الثالثة عشر أصبح تعداد الهكسوس فى مصر كبير جدا، ونتيجة لضعف الملكية ازداد تدفق سكان فينيقيا وفلسطين على البلاد. وبدء حكم الهكسوس فى مصر
وبدأت الأسرة الهكسوسية وهى الأسرة الرابعة عشر فى عام 1548 قبل الميلاد، والذى بدأت به عصر الدولة الوسطى الثانية هكسوس الأسرة الخامسة عشر حكموا من عاصمتهم اواريس فى شرق الدلتا مع سيطرتهم على الجنوب أيضاً. وفى نفس الوقت تواجدت الأسرة السادسة عشر فى الدلتا ووسط الدولة. وكانت تتكون من عدد أقل من الهكسوس ولم يكن لهم ولاء للهكسوس، حيث كان هناك استقلال أكبر فى الجنوب ثم حكام الأسرة السابعة عشر وحكموا فى الفترة من 1648 حتى 1550 قبل الميلاد. قام الملك فاموس بمحاربة الهكسوس ونجح فى هزيمتهم، إلا ان أخوه أحمس هو من قام بطردهم تماما من مصر فى حوالى عام 154 قبل الميلاد.